Nel Museo sono presentate le ricerche topografiche condotte in numerosi siti neolitici della costa adriatica che hanno restituito testimonianze significative. Si segnala in particolare Fontanelle che, oltre ai numerosi resti di cereali contenuti in grumi di intonaco di capanna (esiste l'impronta completa di una spiga di Triticum dicoccum), conserva ceramiche impresse arcaiche ed un'industria litica laminare di ridotte dimensioni, perforati e geometrici.
Tra le grotte frequentate nel IV - III millennio particolare importanza riveste quella di S. Biagio, dove sono particolarmente attestate le ceramiche di facies Serra d'Alto.
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